7 czerwca 1999 roku Ojciec Święty Jan Paweł II, podczas swojej wizyty w Toruniu, beatyfikował księdza Stefana Frelichowskiego. Chwilę później kapłan został patronem nowo powołanej parafii przy ulicy Szubińskiej. 20 lat po tych wydarzeniach następuje konsekracja świątyni, której bryła nawiązuje do papieskiego ołtarza, który 7 czerwca stanął na placu celebry na toruńskim lotnisku.